В структуру Учреждения включено обособленное подразделение - отдел «История создания Российского флота», расположенный по адресу: Воронежская область, город Воронеж, Воронежское водохранилище в районе Адмиралтейской площади.
Также в состав музея включен отдел «Дом Гарденина», расположенный по адресу: г. Воронеж, пер. Фабричный, 12.
Директором музейного комплекса является Комолов Николай Анатольевич.
Штат ГБУК ВО "Музейный комплекс "Петровский остров" включает 19 единиц